Den første virkelig kendte ejer var Eggert Ulfeldt, som ejede Kragerup i slutningen af 1500 tallet. Han efterlod sig 2 bemærkelsesværdige minder; det ene et ottekantet tavlebord af sten med hans og hustruen Elisabeth Galdes våben. Det andet 2 ligsten indsat i kirkemuren i Ørslev kirke, der tilhørte Kragerup. Næste ejer var Christian Friis, der i 1616 blev udnævnt til Rigens Raad og Kongens Kansler. (Chr.IV) Fra hans tid står hvælvingskælderen tilbage. Hovedbygningen var dengang spejlvendt med vindebro mod øst. Friis opførte en ny hovedbygning med voldgrav, tilkøbte betydelige arealer og gjorde, på trods af sine mange gøremål for kongen og fædrelandet, Kragerup til et betydeligt og værdifuldt gods. Senere kendte ejere var af slægterne Urne, Juul og Lerche og Fogh. Sidstnævnte dyrkede de første kartofler på Sjælland, oprettede stor uldfabrik og dambrug med mange store karpedamme.

Hvor indkørslen til Kragerup er i dag, lå dengang landsbyen Krakætorp (torp=udflytterby). Landsbyen blev udskiftet meget sent, formentlig efter 1800. Avlsbygningerne lå, lige indtil branden i 1892, klos op af hovedbygning og voldgrav. Gårdens folk blev bespist i hovedbygningen, hvor der i nordfløjen, indtil 1969 var store køkkenrum, vaskerum, sulerum m.m. Endvidere er det gamle kornmagasin på loftet i sydfløjen istandsat og bruges i dag til selskaber og konferencer. Hovedbygningens midterhus er opført i 1800 af Kammerråd Bech (ejer fra 1799-1801).

Den første ejer af slægten Dinesen var Justitsråd Jens Kraft Dinesen, der var født på Gyldenholm i 1768. I 1800 solgte han Gyldenholm og købte Kragerup i 1801. Efter hans død i 1827 overtog hans søn, Anders Didrich Dinesen, der ombyggede de bestående sidefløje i henholdsvis 1838 og 1840, men døde i 1840 kun 42 år gammel. Enken (født Neergaard) var dygtig og aktiv. Hun afløste hoveriet, byggede nye avlsbygninger og oprettede afbyggergården Rugskov. Hendes søn, Jens Kraft Jacob Sophus Dinesen (død 1910) var meget god ven af Wilhelm Bech, sognepræst i Ørslev kirke og stifter af Indre Mission. Rugskov havde en selvstændig avlsgård indtil begyndelsen af 60érne, hvor samtlige aktiviteter blev flyttet til Kragerup avlsgård og en betydelig kvægbesætning fyldte nu samtlige bygninger. Rugskov husede i 8 år Danmakrs største strudsbesætning.
Kragerup er herefter gået i arv gennem 8 generationer og 9 slægtled og ejes i dag af Birgitte Dinesen; ældste datter af Marie Louise og Kammerherre, Hofjægermester Erik Dinesen.

Forfatteren Karen Blixen, f. Karen Christenze Dinesen, (1885-1962) hører til den nærmeste familie og kom på Kragerup i sine unge dage for at besøge sin familie.

Det fortælles, at der er en "hvid dame" som spøger i hovedbygningen. Tilsyneladende et venligt spøgelse! Sammen med uglerne, som altid har betydet meget for Kragerup værner de om godset og familien.

Der er sket betydelige ændringer, siden Erik Dinesen overtog i 1960. Parken blev omlagt, avlsbygningerne  moderniserede og tilhørende beboelser og huse blev istandsat og endelig blev hovedbygningen moderniseret fra A til Z i 1967.

Kragerup er i dag en stor virksomhed bestående af land- og skovbrug samt selskabs- og konferencevirksomhed. Landbruget består af i alt 920 ha - heraf 180ha skov. Landbruget drives med korn, roer og frøafgrøder. Der er endvidere en stor besætning af højlandskvæg og et mindre antal strudse. Der hører 25 beboelser til godset, hvoraf mange udlejes.

Siden 1997 har Birgitte Dinesen istandsat hele hovedbygningen til konferencer og selskaber, samt indrettet 35 værelser dels i hovedbygningen og dels i andre gamle bygninger omkring hovedbygningen. Den smukke gamle hvælvings-kælder samt det gamle godskøkken, spisestuen og havestuen er renoveret og benyttes i dag til selskabslokaler. Der er endvidere 3 konferencelokaler; ”Herreværelset” med plads til 24, ”Kornmagasinet” med plads til 80 personer og ”Vognporten” med plads til 200 personer. Vognporten bruges også til store selskaber. Overnatning er mulig i hovedbygningen, ”Herskabsstalden”, ”Mejeriet” og ”Karlekammeret”. Desuden er der en swimmingpool, som frit kan benyttes af alle gæster. I hovedbygningens sydlige fløj er indrettet Gårdbutik, som har åbent alle dage kl.10-14, undtagen lørdag (henvendelse på Godskontoret).